Index

_

_data (mpralib.mpradata.MPRAData attribute)

_PSEUDOCOUNT (mpralib.mpradata.MPRAData attribute) _SCALING (mpralib.mpradata.MPRAData attribute)

A

ACTIVITY (mpralib.mpradata.Modality attribute) activity (mpralib.mpradata.MPRAData property) add_sequence_design() (mpralib.mpradata.MPRAData method)

apply_barcode_filter() (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData method) apply_count_sampling() (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData method) as_dict() (mpralib.utils.file_validation.SchemaToFileNameMap method)

B

barcode_counts (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData property) (mpralib.mpradata.MPRAData property) (mpralib.mpradata.MPRAOligoData property)

barcode_threshold (mpralib.mpradata.MPRAData property) BarcodeFilter (class in mpralib.mpradata) barcodes_outlier() (in module mpralib.utils.plot) barcodes_per_oligo() (in module mpralib.utils.plot)

C

chromosome_map() (in module mpralib.utils.io) complexity() (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData method)

correlation() (in module mpralib.utils.plot) (mpralib.mpradata.MPRAData method) CountSampling (class in mpralib.mpradata)

D

data (mpralib.mpradata.MPRAData property) DNA (mpralib.mpradata.CountSampling attribute) (mpralib.mpradata.Modality attribute) dna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property) DNA_NORMALIZED (mpralib.mpradata.Modality attribute) dna_vs_rna() (in module mpralib.utils.plot)

drop_barcode_counts() (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData method) (mpralib.mpradata.MPRAData method) (mpralib.mpradata.MPRAOligoData method) drop_count_sampling() (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData method) drop_normalized() (mpralib.mpradata.MPRAData method) drop_total_counts() (mpralib.mpradata.MPRAData method)

E

export_activity_file() (in module mpralib.utils.io)

export_barcode_file() (in module mpralib.utils.io) export_counts_file() (in module mpralib.utils.io)

F

from_file() (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData class method) (mpralib.mpradata.MPRAData class method) (mpralib.mpradata.MPRAOligoData class method)

from_string() (mpralib.mpradata.BarcodeFilter class method) (mpralib.mpradata.Modality class method)

G

get() (mpralib.utils.file_validation.SchemaToFileNameMap method)

GLOBAL (mpralib.mpradata.BarcodeFilter attribute)

I

IOException is_bgzf() (in module mpralib.utils.io)

is_compressed_file() (in module mpralib.utils.io) is_gzip_file() (in module mpralib.utils.io)

L

LARGE_EXPRESSION (mpralib.mpradata.BarcodeFilter attribute)

LOGGER (mpralib.mpradata.MPRAData attribute)

M

MAX_COUNT (mpralib.mpradata.BarcodeFilter attribute) MIN_BCS_PER_OLIGO (mpralib.mpradata.BarcodeFilter attribute) MIN_COUNT (mpralib.mpradata.BarcodeFilter attribute) Modality (class in mpralib.mpradata) module mpralib.cli mpralib.exception mpralib.mpradata mpralib.utils.file_validation mpralib.utils.io mpralib.utils.plot MPRABarcodeData (class in mpralib.mpradata) MPRAData (class in mpralib.mpradata)

mpralib.cli module mpralib.exception module mpralib.mpradata module mpralib.utils.file_validation module mpralib.utils.io module mpralib.utils.plot module MPRAlibException MPRAOligoData (class in mpralib.mpradata)

N

n_obs (mpralib.mpradata.MPRAData property) n_vars (mpralib.mpradata.MPRAData property)

normalized_dna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property) normalized_rna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property)

O

obs_names (mpralib.mpradata.MPRAData property) observed (mpralib.mpradata.MPRAData property)

oligo_data (mpralib.mpradata.MPRABarcodeData property) OLIGO_SPECIFIC (mpralib.mpradata.BarcodeFilter attribute) oligos (mpralib.mpradata.MPRAData property)

P

pseudo_count (mpralib.mpradata.MPRAData property)

R

RANDOM (mpralib.mpradata.BarcodeFilter attribute) raw_dna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property) raw_rna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property) read() (mpralib.mpradata.MPRAData class method) read_sequence_design_file() (in module mpralib.utils.io) REPORTER_BARCODE_TO_ELEMENT_MAPPING (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute) REPORTER_ELEMENT (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute) REPORTER_EXPERIMENT (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute) REPORTER_EXPERIMENT_BARCODE (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute)

REPORTER_GENOMIC_ELEMENT (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute) REPORTER_GENOMIC_VARIANT (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute) REPORTER_SEQUENCE_DESIGN (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute) REPORTER_VARIANT (mpralib.utils.file_validation.ValidationSchema attribute) RNA (mpralib.mpradata.CountSampling attribute) (mpralib.mpradata.Modality attribute) RNA_AND_DNA (mpralib.mpradata.CountSampling attribute) rna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property) RNA_NORMALIZED (mpralib.mpradata.Modality attribute)

S

scaling (mpralib.mpradata.MPRAData property) SchemaToFileNameMap (class in mpralib.utils.file_validation)

SequenceDesignException set() (mpralib.utils.file_validation.SchemaToFileNameMap method)

T

total_dna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property)

total_rna_counts (mpralib.mpradata.MPRAData property)

V

validate_tsv_with_schema() (in module mpralib.utils.file_validation) ValidationSchema (class in mpralib.utils.file_validation)

var_filter (mpralib.mpradata.MPRAData property) var_names (mpralib.mpradata.MPRAData property) variant_map (mpralib.mpradata.MPRAData property)

W

write() (mpralib.mpradata.MPRAData method)